（1）在客观方面，审查工作的主要内容之一就是判断申请商标是否与他人在先注册或者在先申请的商标（下称在先商标）相冲突，即申请商标是否与在先商标构成了同一种或者类似商品上的相同或近似商标。这一工作在技术上主要依赖商标注册与管理自动化系统来进行。该自动化系统将所有的在先商标纳入数据库，审查员通过运行审查程序来检索该数据库，将申请商标与符合条件的在先商标进行比较，作出判断。但这种方式存在两点缺陷：
第一，数据库记录的信息可能存在差错。因为建立数据库是通过人工劳动完成的，该数据库记录了数百万条的商标信息，存在差错在所难免。
第二，审查程序本身不可能检索出所有的相同或近似商标。商标相同或近似的情况极其复杂，尽管审查程序的设计尽可能全面地考虑了商标相同或近似的类型，但显然无法穷尽。例如，对于字形相近的文字商标，现有的审查程序很难检索出来。

（2）在主观方面，由于审查员在专业范围、知识面及工作经验等方面存在着个体差异，审查工作必然会受到主观方面的因素影响。针对相同类型的个案，不同的审查员可能得出截然相反的判断结果。

（3）商标局实质审查工作只根据商标注册申请人提供的材料来进行，一般只能就申请商标是否违反禁用条款、是否与在先商标相冲突作出判断。至于那些申请注册商标损害除在先商标权而外的其他在先权利以及以不正当手段抢先申请注册他人已经使用并有一定影响的商标等问题，难以通过实质审查工作来解决。